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Hasta ahora, para poder cuantificar con exactitud la cantidad de ADN con el que se trabaja, se incluían fluoróforos. Así, tras lanzar la reacción, el tiempo transcurrido hasta que se puede detectar la fluorescencia en el ADN copiado indica la cantidad de ADN que había en la muestra de partida.

Para solucionar estas limitaciones, ha recurrido a la estrategia contraria, detectar la desaparición de la fluorescencia. Usando dos moléculas, una fluorescente y otra no, la desaparición de este tipo de luz sólo se produce cuando moléculas se unen al ADN copiado y no entre ellas. Así consiguen aumentar la especificidad y la rapidez de la detección.

Por otro lado, la misma molécula fluorescente puede usarse sea cual sea la secuencia de ADN que se quiera copiar. La especificidad la da la molécula no fluorescente. Esto, además de reducir el coste del proceso, evita tener que diseñar dos moléculas para cada experimento, sólo es necesario la mitad del esfuerzo.

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